#include "cddefines.h"
#include "physconst.h"
#include "iso.h"
#include "atmdat.h"
#include "grainvar.h"
#include "ionbal.h"
#include "dense.h"
#include "secondaries.h"
#include "mole.h"
#include "mole_co_priv.h"
#include "opacity.h"
#include "rfield.h"
#include "thermal.h"
#include "timesc.h"
#include "trace.h"
#include "phycon.h"
#include "doppvel.h"
#include "thirdparty.h"
#include "gammas.h"
#include "h2.h"
#include "dynamics.h"
#include "conv.h"
#include "radius.h"
#include "hextra.h"
#include "hmi.h"
#include "taulines.h"
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Data Structures | |
struct | Hmole_rate_s |
Defines | |
#define | ABSLIM 1e-12 |
#define | INTSZ(a) (sizeof(a)/sizeof(int)) |
#define | CATALYST true |
#define | USE_MCCALL |
#define | FACTOR 2.25 |
#define | OLD_FRAC 0.0 |
#define | CO_ON true |
#define | MOLMIN 1 |
#define | N_H_MAT (N_H_MOLEC-MOLMIN) |
#define | MAT(a, I_, J_) (*((a)+(I_)*(N_H_MAT)+(J_))) |
Typedefs | |
typedef struct Hmole_rate_s | reaction |
Functions | |
reaction * | newreaction (int rindex, int *in, int nin, int *out, int nout, int *rate, int nrate) |
void | hmole_step (int *nFixup, double *error) |
#define ABSLIM 1e-12 |
Definition at line 51 of file mole_h_step.cpp.
#define CATALYST true |
Referenced by hmole_step().
#define CO_ON true |
Referenced by hmole_step().
#define FACTOR 2.25 |
Referenced by hmole_step().
#define INTSZ | ( | a | ) | (sizeof(a)/sizeof(int)) |
Definition at line 54 of file mole_h_step.cpp.
Referenced by hmole_step().
#define MAT | ( | a, | |||
I_, | |||||
J_ | ) | (*((a)+(I_)*(N_H_MAT)+(J_))) |
#define MOLMIN 1 |
#define N_H_MAT (N_H_MOLEC-MOLMIN) |
#define OLD_FRAC 0.0 |
Referenced by hmole_step().
#define USE_MCCALL |
typedef struct Hmole_rate_s reaction |
Definition at line 65 of file mole_h_step.cpp.
void hmole_step | ( | int * | nFixup, | |
double * | error | |||
) |
Take one Newton step of the chemical network
*nFixup | ||
*error |
HeatH2Dexc_used is heating due to collisional deexcitation of vib-excited H2 actually used
these are derivative wrt temp for collisional processes within X
Definition at line 154 of file mole_h_step.cpp.
References t_phycon::alogte, amat, ASSERT, t_hmi::assoc_detach, t_hmi::assoc_detach_backwards_exct, t_hmi::assoc_detach_backwards_grnd, atmdat, t_dense::AtomicWeight, t_hmi::Average_A, t_hmi::Average_collH2_deexcit, t_hmi::Average_collH2_excit, t_hmi::Average_collH2s_dissoc, t_hmi::Average_collH_deexcit, t_hmi::Average_collH_excit, t_hmi::bh2dis, t_hmi::bh2h22hh2, t_hmi::bh2h2p, GrainVar::bin, t_co::C_H3OP_HCOP_H2_1, t_co::C_OH_CO_H_1, CATALYST, cdEXIT, t_hmi::chJura, t_co::CHP_H2O_HCOP_H2_1, t_co::CHP_OH_COP_H2_1, co, CO_findrk(), CO_ON, t_ionbal::CompRecoilIonRate, t_rfield::ConInterOut, conv, t_co::CP_H2O_HCOP_H_1, t_co::CP_OH_CO_HP_1, t_co::CP_OH_COP_H_1, t_hmi::CR_reac_H2g, t_hmi::CR_reac_H2s, t_co::crnu_CH3_CH2_H, t_co::crnu_CH3_CH_H2, t_co::crnu_CH4_CH2_H2, t_co::crnu_CH_C_H, t_co::crnu_CHP_CP_H, t_co::crnu_H2O_OH_H, t_co::crnu_OH_O_H, t_co::crnu_SiH_Si_H, t_hextra::cryden_ov_background, t_secondaries::csupra, DEBUG_ENTRY, dense, t_iso::DepartCoef, t_hmi::deriv_HeatH2Dexc_BD96, t_hmi::deriv_HeatH2Dexc_BHT90, t_hmi::deriv_HeatH2Dexc_BigH2, t_hmi::deriv_HeatH2Dexc_ELWERT, t_hmi::deriv_HeatH2Dexc_TH85, t_hmi::deriv_HeatH2Dexc_used, dynamics, t_co::e_CH2P_C_H2, t_co::e_CH2P_C_H_H, t_co::e_CH2P_CH_H, t_co::e_CH3P_C_H2_H, t_co::e_CH3P_CH2_H, t_co::e_CH3P_CH_H2, t_co::e_CH3P_CH_H_H, t_co::e_CH4P_CH2_H_H, t_co::e_CH4P_CH3_H, t_co::e_CH5P_CH3_H2, t_co::e_CH5P_CH4_H, t_co::e_CHP_C_H, t_co::e_H2OP_O_H2, t_co::e_H2OP_O_H_H, t_co::e_H2OP_OH_H, t_co::e_H3OP_H2O_H, t_co::e_H3OP_O_H2_H, t_co::e_H3OP_OH_H2, t_co::e_H3OP_OH_H_H, t_co::e_HCOP_CO_H, t_co::e_OHP_O_H, t_co::e_SiH2P_Si_H2, t_co::e_SiH2P_Si_H_H, t_co::e_SiH2P_SiH_H, t_co::e_SiOHP_SiO_H, t_dense::eden, t_hmi::eh2hh, t_hmi::eh3_h2h, EVDEGK, t_hmi::exphmi, t_rfield::extin_mag_V_point, FACTOR, findspecies(), fixit(), t_rfield::flux, fnzone, GammaK(), t_iso::gamnc, t_dense::gas_phase, GetAveVelocity(), GrainDrive(), gv, h2, t_co::H2_C2HP_C2H2P_H, t_co::H2_C2P_C2HP_H, t_co::H2_C3P_C3HP_H, t_co::H2_C_CH2_nu, t_co::H2_C_CH_H, t_co::H2_CH2_CH3_H, t_co::H2_CH2P_CH3P_H, t_co::H2_CH3_CH4_H, t_co::H2_CH3P_CH5P_nu, t_co::H2_CH4P_CH5P_H, t_co::H2_CH_C_H2_H, t_co::H2_CH_CH2_H, t_co::H2_CH_CH3_nu, t_co::H2_CHP_CH2P_H, t_co::H2_ClP_HClP_H, t_co::H2_CN_HCN_H, t_co::H2_CNP_HCNP_H, t_co::H2_COP_HCOP_H, t_co::H2_CP_CH2P_nu, t_co::H2_CP_CHP_H, t_co::H2_CSP_HCSP_H, t_hmi::H2_formation_scale, t_hmi::H2_forms_grains, t_hmi::H2_forms_hminus, t_hmi::H2_frac_abund_set, t_hmi::H2_H2g_to_H2s_rate_used, t_co::H2_H2O_OH_H2_H, t_co::H2_H2OP_H3OP_H, t_co::H2_HClP_H2ClP_H, t_co::H2_HCNP_HCNHP_H, t_co::H2_N_NH_H, t_co::H2_NH2_NH3_H, t_co::H2_NH2P_NH3P_H, t_co::H2_NH3P_NH4P_H, t_co::H2_NH_NH2_H, t_co::H2_NHP_N_H3P, t_co::H2_NHP_NH2P_H, t_co::H2_NP_NHP_H, t_co::H2_O2_O_O_H2, t_co::H2_O2_OH_OH, t_co::H2_O_OH_H, t_co::H2_OH_H2O_H, t_co::H2_OH_O_H2_H, t_co::H2_OHP_H2OP_H, t_co::H2_OP_OHP_H, t_hmi::H2_photo_heat_hard, t_hmi::H2_photo_heat_soft, t_hmi::H2_photodissoc_used_H2g, t_hmi::H2_photodissoc_used_H2s, t_hmi::H2_photoionize_rate, t_hmi::H2_rate_destroy, t_co::H2_S_HS_H, t_co::H2_SiOP_SiOHP_H, t_co::H2_SiP_SiH2P_nu, t_hmi::H2_Solomon_dissoc_rate_used_H2g, t_hmi::H2_Solomon_dissoc_rate_used_H2s, t_co::H2_SP_HSP_H, t_hmi::H2_total, t_hmi::H2_tripletdissoc_H2g, t_hmi::H2_tripletdissoc_H2s, t_hmi::h2ge2h, t_hmi::h2h22hh2, t_hmi::h2hph3p, t_hmi::H2Opacity, t_co::H2P_C2_C2HP_H, t_co::H2P_C2_C2P_H2, t_co::H2P_C2H2_C2H2P_H2, t_co::H2P_C2H2_C2H3P_H, t_co::H2P_C2H_C2H2P_H, t_co::H2P_C2H_C2HP_H2, t_co::H2P_C_CHP_H, t_co::H2P_CH2_CH2P_H2, t_co::H2P_CH2_CH3P_H, t_co::H2P_CH4_CH3P_H2, t_co::H2P_CH4_CH4P_H2, t_co::H2P_CH4_CH5P_H, t_co::H2P_CH_CH2P_H, t_co::H2P_CH_CHP_H2, t_co::H2P_CN_CNP_H2, t_co::H2P_CN_HCNP_H, t_co::H2P_CO_COP_H2, t_co::H2P_CO_HCOP_H, t_co::H2P_H2O_H2OP_H2, t_co::H2P_H2O_H3OP_H, t_co::H2P_HCN_HCNP_H2, t_co::H2P_N_NHP_H, t_co::H2P_NH2_NH2P_H2, t_co::H2P_NH3_NH3P_H2, t_co::H2P_NH_NH2P_H, t_co::H2P_NH_NHP_H2, t_co::H2P_NO_HNOP_H, t_co::H2P_NO_NOP_H2, t_co::H2P_O2_O2P_H2, t_co::H2P_O_OHP_H, t_co::H2P_OH_H2OP_H, t_co::H2P_OH_OHP_H2, t_hmi::h2ph3p, t_hmi::h2phmh2h, t_hmi::h2plus_heat, t_co::H2s_C_CH_H, t_co::H2s_CH2_CH3_H, t_co::H2s_CH3_CH4_H, t_co::H2s_CH_C_H2_H, t_co::H2s_CH_CH2_H, t_co::H2s_CH_CH3_nu, t_co::H2s_CP_CHP_H, t_co::H2s_H2O_OH_H2_H, t_co::H2s_O2_O_O_H2, t_co::H2s_O_OH_H, t_co::H2s_OH_H2O_H, t_co::H2s_OH_O_H2_H, t_co::H2s_OP_OHP_H, t_hmi::h2s_sp_decay, t_hmi::h2se2h, t_hmi::h2sh, t_hmi::h2sh2g, t_hmi::h2sh2sh2g2h, t_hmi::h2sh2sh2s2h, t_hmi::H2star_forms_grains, t_hmi::H2star_forms_hminus, t_hmi::h32h2, t_co::H3P_C2_C2HP_H2, t_co::H3P_C2H2_C2H3P_H2, t_co::H3P_C2H_C2H2P_H2, t_co::H3P_C3_C3HP_H2, t_co::H3P_C_CHP_H2, t_co::H3P_CH2_CH3P_H2, t_co::H3P_CH3_CH4P_H2, t_co::H3P_CH4_CH5P_H2, t_co::H3P_CH_CH2P_H2, t_co::H3P_Cl_HClP_H2, t_co::H3P_CN_HCNP_H2, t_co::H3P_CO_HCOP_H2, t_co::H3P_CS_HCSP_H2, t_co::H3P_H2O_H3OP_H2, t_co::H3P_HCl_H2ClP_H2, t_co::H3P_HCN_HCNHP_H2, t_co::H3P_NH2_NH3P_H2, t_co::H3P_NH3_NH4P_H2, t_co::H3P_NH_NH2P_H2, t_co::H3P_NO2_NOP_OH_H2, t_co::H3P_NO_HNOP_H2, t_co::H3P_O_OHP_H2, t_co::H3P_OH_H2OP_H2, t_co::H3P_S_HSP_H2, t_co::H3P_SiH_SiH2P_H2, t_co::H3P_SiO_SiOHP_H2, t_hmi::h3petc, t_hmi::h3ph2hp, t_hmi::h3ph2p, t_hmi::h3phm2h2, t_hmi::h3phmh2hh, t_co::H_C2H3P_C2H2P_H2, t_co::H_C_CH_nu, t_co::H_CH2_CH_H2, t_co::H_CH3_CH2_H2, t_co::H_CH3P_CH2P_H2, t_co::H_CH4P_CH3P_H2, t_co::H_CH5P_CH4P_H2, t_co::H_CH_C_H2, t_co::H_CH_C_H_H, t_co::H_CHP_CP_H2, t_co::H_CNP_CN_HP, t_co::H_COP_CO_HP, t_co::H_CP_CHP_nu, t_co::H_H2O_OH_H2, t_co::H_H2O_OH_H_H, t_co::H_HCNP_HCN_HP, t_co::H_HNC_HCN_H, t_co::H_HSP_SP_H2, t_co::H_N2P_N2_HP, t_co::H_OH_H2O_nu, t_co::H_OH_O_H2, t_co::H_OH_O_H_H, t_hmi::HalphaHmin, t_atmdat::HCharExcIonOf, t_atmdat::HCharExcRecTo, t_hmi::HeatH2Dexc_BD96, t_hmi::HeatH2Dexc_BHT90, t_hmi::HeatH2Dexc_BigH2, t_hmi::HeatH2Dexc_ELWERT, t_hmi::HeatH2Dexc_TH85, t_hmi::HeatH2Dexc_used, t_hmi::HeatH2Dish_BD96, t_hmi::HeatH2Dish_BHT90, t_hmi::HeatH2Dish_BigH2, t_hmi::HeatH2Dish_ELWERT, t_hmi::HeatH2Dish_TH85, t_hmi::HeatH2Dish_used, t_phoHeat::HeatHiEnr, t_phoHeat::HeatLowEnr, t_phoHeat::HeatNet, t_hmi::hehph2h3phe, t_co::HeP_CH2_CHP_He_H, t_co::HeP_CH2_CP_He_H2, t_co::HeP_CH_CP_He_H, t_co::HeP_H2O_OH_He_HP, t_co::HeP_H2O_OHP_He_H, t_co::HeP_OH_OP_He_H, t_co::HeP_SiH_SiP_He_H, t_hmi::heph2heh2p, molecule::hevmol, hextra, hmi, t_hmi::hmicol, t_hmi::hmidep, t_hmi::hmihet, t_hmi::hmin_ct_firstions, t_co::Hminus_C_CH_e, t_co::Hminus_CH2_CH3_e, t_co::Hminus_CH3_CH4_e, t_co::Hminus_CH_CH2_e, t_co::Hminus_H3OP_H2O_H2, t_co::Hminus_H3OP_OH_H2_H, t_co::Hminus_HCOP_CO_H2, t_hmi::HMinus_induc_rec_rate, t_co::Hminus_NH4P_NH3_H2, t_co::Hminus_NP_N_H, t_co::Hminus_O_OH_e, t_co::Hminus_OH_H2O_e, t_hmi::HMinus_photo_rate, t_hmi::hminus_rad_attach, t_hmi::Hmolec, HMRATE, t_co::HP_C2_C2P_H, t_co::HP_C2H2_C2H2P_H, t_co::HP_C2H2_C2HP_H2, t_co::HP_C2H_C2HP_H, t_co::HP_C2H_C2P_H2, t_co::HP_C3_C3P_H, t_co::HP_C3H_C3HP_H, t_co::HP_C3H_C3P_H2, t_co::HP_CH2_CH2P_H, t_co::HP_CH2_CHP_H2, t_co::HP_CH3_CH3P_H, t_co::HP_CH4_CH3P_H2, t_co::HP_CH4_CH4P_H, t_co::HP_CH_CHP_H, t_co::HP_CS_CSP_H, t_co::HP_H2O_H2OP_H, t_co::HP_HCl_HClP_H, t_co::HP_HCN_HCNP_H, t_co::HP_HNC_HCN_HP, t_co::HP_HNO_NOP_H2, t_co::HP_HS_HSP_H, t_co::HP_HS_SP_H2, t_co::HP_NH2_NH2P_H, t_co::HP_NH3_NH3P_H, t_co::HP_NH_NHP_H, t_co::HP_NO_NOP_H, t_co::HP_NS_NSP_H, t_co::HP_O2_O2P_H, t_co::HP_OCS_OCSP_H, t_co::HP_OH_OHP_H, t_co::HP_S2_S2P_H, t_co::HP_SiH_SiP_H2, t_co::HP_SiN_SiNP_H, t_co::HP_SiO_SiOP_H, t_co::HP_SO_SOP_H, t_co::hydro_sink, t_co::hydro_source, t_opac::ih2pnt, t_opac::ih2pof, t_hmi::iheh1, t_hmi::iheh2, INTSZ, ionbal, ioQQQ, ipH1s, t_opac::ipH2_photo_opac_offset, t_opac::ipH2_photo_thresh, ipH2p, ipH2s, ipH_LIKE, ipHELIUM, ipHYDROGEN, ipiv, ipLITHIUM, ipMH, ipMH2g, ipMH2p, ipMH2s, ipMH3p, ipMHeHp, ipMHm, ipMHp, ipOXYGEN, isnan, iso, iteration, t_dynamics::lgAdvection, t_hmi::lgBigH2_evaluated, t_atmdat::lgCTOn, GrainVar::lgDustOn(), GrainVar::lgGrainPhysicsOn, t_hmi::lgH2_Chemistry_BigH2, t_mole::lgH2_grain_deexcitation, t_h2::lgH2ON, t_ionbal::lgHO_ct_chem, t_hmi::lgLeiden_Keep_ipMH2s, t_hmi::lgNoH2Mole, t_ionbal::lgPhotoIoniz_On, t_conv::lgSearch, t_trace::lgTr_H2_Mole, t_trace::lgTrace, t_co::lgUMISTrates, LIMELM, MALLOC, MAX2, MAXREACTANTS, MIN2, mole, t_co::N2_H3P_N2HP_H2, N_H_MOLEC, newreaction(), Hmole_rate_s::next, t_rfield::nflux, Hmole_rate_s::nproducts, NQGRID, Hmole_rate_s::nrates, Hmole_rate_s::nreactants, t_co::nu_CH2_CH_H, t_co::nu_CH2P_CHP_H, t_co::nu_CH3_CH2_H, t_co::nu_CH3_CH_H2, t_co::nu_CH3P_CH2P_H, t_co::nu_CH3P_CHP_H2, t_co::nu_CH4_CH2_H2, t_co::nu_CH4_CH3_H, t_co::nu_CH4_CH_H2, t_co::nu_CH_C_H, t_co::nu_CHP_CP_H, t_co::nu_H2O_OH_H, t_co::nu_OH_O_H, t_co::nu_OHP_O_HP, t_co::nu_SiH_Si_H, t_rfield::nupper, nzone, t_co::O_CH2_CO_H2_1, t_co::O_CH2_CO_H_H_1, t_co::O_CH2P_HCOP_H_1, t_co::O_CH3P_HCOP_H2_1, t_co::O_CH_CO_H_1, t_co::O_CHP_COP_H_1, t_co::O_H2OP_O2P_H2_1, t_co::O_OH_O2_H_1, t_co::O_OHP_O2P_H_1, t_co::O_SiH2P_SiOHP_H_1, t_co::O_SiH_SiO_H_1, OLD_FRAC, t_co::OP_CH_COP_H_1, t_co::OP_OH_O2P_H_1, opac, t_h2::ortho_density, t_rfield::outlin, t_rfield::outlin_noplot, t_h2::para_density, phycon, pow(), POW2, POW3, powi(), Hmole_rate_s::products, qheat(), t_hmi::radasc, t_hmi::rate_grain_h2_J1_to_J0, t_hmi::rate_grain_h2_op_conserve, t_hmi::rate_h2_form_grains_set, GrainVar::rate_h2_form_grains_used_total, Hmole_rate_s::rate_species, Hmole_rate_s::reactants, t_hmi::rel_pop_LTE_H2g, t_hmi::rel_pop_LTE_H2p, t_hmi::rel_pop_LTE_H2s, t_hmi::rel_pop_LTE_Hmin, rfield, t_hmi::rh2dis, t_hmi::rh2h2p, t_hmi::rheph2hpheh, Hmole_rate_s::rk, t_hmi::ScaleJura, SDIV(), secondaries, sexp(), t_co::Si_OH_SiO_H_1, t_mole::sink, t_co::SiP_H2O_SiOHP_H_1, t_co::SiP_OH_SiOP_H_1, SMALLFLOAT, t_mole::source, t_phycon::sqrte, StatesElemNEW, t_hmi::Tad, t_phycon::te, t_phycon::te05, t_phycon::te07, t_phycon::te30, t_phycon::te90, t_phycon::tesqrd, trace, t_hmi::UV_Cont_rel2_Habing_TH85_depth, t_hmi::UV_Cont_rel2_Habing_TH85_face, t_secondaries::x12tot, t_dense::xIonDense, and t_dense::xMolecules.
Referenced by hmole().
reaction* newreaction | ( | int | rindex, | |
int * | in, | |||
int | nin, | |||
int * | out, | |||
int | nout, | |||
int * | rate, | |||
int | nrate | |||
) |
Definition at line 68 of file mole_h_step.cpp.
References ASSERT, Hmole_rate_s::index, MALLOC, MAXPRODUCTS, MAXREACTANTS, and Hmole_rate_s::nrates.
Referenced by hmole_step().